Бобруйский сельскохозяйственный техникум образован 12 августа 1957 года на базе одногодичной бухгалтерской школы, открытой в 1953 году.
В 1967 году в техникуме открывается второе отделение по подготовке техников-строителей.
С 1995 года техникум ведет подготовку юридических кадров.
В апреле 2001 года «Бобруйский сельскохозяйственный техникум» преобразован в учреждение образования «Бобруйский аграрно-экономический колледж».
В январе 2004 года учреждение образования «Бобруйский аграрно-экономический колледж» переименован в учреждение образования «Бобруйский государственный аграрно-экономический колледж».
В 2008 году открываются два отделения «Программное обеспечение информационных технологий» и «Санитарно-техническое оборудование зданий и сооружений».
В марте 2017 года учреждение образования «Бобруйский государственный профессиональный лицей №13» реорганизовано в форме присоединения к учреждению образования «Бобруйский государственный аграрно-экономический колледж»
На сегодняшний день колледж осуществляет подготовку по профилям: «Бизнес, управление и право», «Информационно-коммуникативные технологии» и «Архитектура и строительство».
